As origens históricas do município de Rio Preto, até 1780, são pouco conhecidas, pois ficava na região denominada “Áreas Proibidas”, cujas terras deveriam continuar improdutivas para evitar o extravio do ouro das Minas para o litoral. Sabe-se, no entanto, que essa região foi alcançada pelos bandeirantes paulistas ainda no século XVII. Por volta de 1700, construíram uma fortificação de pedras com a intenção de auxiliá-los nas expedições e protegê-los contra os constantes ataques indígenas e de animais, cujas ruínas até hoje existem – “Casa de Pedra”. Acredita-se que já nos primeiros anos dos setecentos se construiu também uma singela igreja em uma montanha situada próxima e defronte ao rio Preto, no local que passou a ser conhecido por “Morro dos Beatos”.​

O lugarejo que veio a dar origem à atual cidade foi se formando primeiramente no entorno dessa capela no Morro dos Beatos, nos primeiros anos setecentistas. E, depois, à beira do rio, no lugar denominado à época “Lamas de Ubá”, uma espécie de “prainha” pelas margens do rio que funcionava como um porto para as embarcações, sendo o principal ponto de travessia para as mesmas quando se dirigiam para a margem fluminense do Rio Preto. Chamava-se o lugarejo de “A Passagem do Rio Preto”, do qual se tem registros desde 1745, e era uma das principais rotas de contrabando do ouro entre a região mineradora mineira e os portos do Rio de Janeiro.​

Por sua estratégica localização geográfica, o território do atual município chamou a atenção da Coroa Portuguesa e, já conhecido por “Arrayal do Rio Preto”, recebeu uma série de investimentos do Estado ainda nos anos setecentistas: em 1755, mandou-se estabelecer uma Fortaleza Militar; em 1780, um Presídio; em 1781, uma estrada oficial (o Caminho do Menezes) e uma ponte; e, por fim, em 1798, um Registro e também uma Guardamoria.

Passou a povoação a chamar-se “Presídio do Rio Preto”. Pertencia à famosa e importante Comarca do Rio das Mortes, cuja sede era São João Del-Rei. Era termo (território) de Barbacena e, a partir de 1821, com a chegada do primeiro pároco ao Arraial, passou a depender religiosamente da Aplicação de Nossa Senhora da Conceição de Ibitipoca até 1832, quando o “Curato de Nosso Senhor dos Passos de Rio Preto do Presídio” foi elevado à Paróquia, tornando-se oficialmente um distrito de Barbacena. O município foi criado em 1844. Mas, por motivos diversos, sofreu várias supressões ao longo dos anos subsequentes para ser restabelecido, definitivamente, em 1870, com o topônimo de Rio Preto, que se origina do nome do rio que banha o município - o Rio Preto.